Après avoir frôlé un nouveau dépôt de bilan, le Gym retrouve l'élite.

Aux 2/3 de la saison 2001-02, les dirigeants italiens vendent le club. Finissant la saison en boulet de canon, les Aiglons, troisièmes, obtiennent le ticket pour la montée. Mais l’histoire dérape, la DNCG rétrograde le club en National pour raisons financières. Un appel, avec un dossier étoffé, est présenté par de nouveaux dirigeants : peine perdue, sanction confirmée.

Le Gym se tourne alors vers le Comité Olympique qui propose un nouvel examen de la situation au Conseil Fédéral, et le 19 juillet 2002 l'OGC Nice est enfin là où le sport l'avait conduit : en Ligue 1 !

Avec une préparation de moins de quinze jours et un recrutement express, sous la conduite du nouvel entraîneur Gernot Rohr, les Rouge et Noir sont la surprise du Championnat et pointent 12 fois en tête de la L1. Ils seront seulement devancés d'un point à la trêve, par l’OM. Fatigués, les Aiglons baissent un peu de rythme en 2003 mais se qualifient néanmoins pour la Coupe Intertoto.

La saison 2003-04 confirme l'élan. Après avoir passé le 2ème tour de l’Intertoto face à Örgryte (Suède), l’OGC Nice est éliminé par le futur Champion d’Allemagne, le Werder de Brême, d’extrême justesse (0-0 et 0-1). Les Aiglons ne tarderont pas à assurer le maintien, dès le mois de février. Nice finira à la 11ème place, mais réussira néanmoins à accrocher à nouveau l’Intertoto.

La saison suivante est plus difficile. Le Gym ne se sauvera qu'à la 37ème journée. A 4 matches de la fin, Gernot Rohr est remplacé par Gérard Buscher. Au final l'OGC Nice termine à une 12ème place qui ne reflète pas les difficultés rencontrées durant la phase retour.

Les dirigeants niçois choisissent alors Frédéric Antonetti pour conduire l'équipe. La première saison est positive. Le Gym termine dans la première moitié du tableau tout en réalisant un superbe parcours en Coupe de la Ligue qui permettra à plus de 20.000 Niçois de garnir les travées du Stade de France pour la finale. Mais l'OGC Nice n'assume pas son costume de favori et s'incline 2-1 face à Nancy.

La saison suivante s'annonce néanmoins sous les meilleurs auspices mais l'équipe démarre la saison de façon catastrophique. 19èmes à la trêve, les Aiglons parviennent néanmoins à se sauver grâce, entre autres, au retour de deux anciens, Lilian Laslandes et Lionel Letizi. Les deux saisons suivantes permettront à nouveau à l'OGC Nice de se placer dans la première moitié du tableau mais une cassure apparaît après l'élimination surprise en demi-finale de la Coupe de la Ligue, à domicile, face à Vannes.

A l'issue de la saison, Frédéric Antonetti ayant décidé de rejoindre Rennes, le président Cohen choisit Didier Ollé-Nicolle pour lui succéder. Après un début en fanfare à Saint Etienne (victoire 2-0), les Rouge et Noir enchaînent les résultats en dents de scie et ne parviennent pas à s'éloigner de la zone rouge. A 10 journées de la fin, alors que le Gym est 17e, Eric Roy, assisté de René Marsiglia (qui deviendra le coach en 2011) et Fred Gioria, reprend l'équipe. Les Aiglons s'imposent 3 fois consécutivement, puis assurent leur maintien parmi l'élite. Les deux saisons suivantes sont difficiles pour le club qui n'assure son maintien qu'à l'ultime journée.